If you're asking about someone's profession or occupation:
* നിങ്ങൾ എന്താണ് ചെയ്യുന്നത്? (ningal enthaan cheyyunnathu?)
If you're asking about someone's identity or nature:
* നിങ്ങൾ ആരാണ്? (ningal aaraanu?)
If you're asking someone to identify themselves:
* നിങ്ങൾ ആരാണെന്ന് പറയൂ. (ningal aaraanennu parayoo.)
If you're asking about someone's feelings or state of mind:
* നിങ്ങൾക്ക് എന്താണ്? (ningalkku enthaanu?)
If you're expressing surprise or disbelief:
* നിങ്ങൾ എന്താണ് പറയുന്നത്? (ningal enthaan parayunnathu?)
The best way to translate "What are you" is to consider the specific situation and choose the most appropriate phrase.