Formal:
* എന്നും എന്റെ മനസ്സിൽ നിൽക്കുന്നു (ennum ente manassil nilkkunnu): This translates literally to "always stands in my mind" and is a more formal way to express the thought.
Informal:
* എന്നും നിങ്ങൾ എന്റെ മനസ്സിൽ (ennum ningal ente manassil): This is a more casual way to say it, meaning "you are always in my mind."
* എന്നും നിങ്ങൾ എന്റെ ചിന്തയിൽ (ennum ningal ente chintayil): This means "you are always in my thoughts" and is a slightly more poetic way to express it.
More specific:
* നിങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള ചിന്ത എന്റെ മനസ്സിൽ നിന്ന് പോകുന്നില്ല (ningalekkuruththulla chinta ente manassil ninnu pokunnilla): This translates to "thoughts about you don't leave my mind."
* നിങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള ഓർമ്മകൾ എന്റെ മനസ്സിൽ നിന്ന് പോകുന്നില്ല (ningalekkuruththulla ormmakal ente manassil ninnu pokunnilla): This means "memories of you don't leave my mind."
Ultimately, the best way to say "are always in my mind" in Malayalam depends on the context and the level of formality you're aiming for.